Чтобы дважды проверить, что настройки были применены, найдите XKBOPTIONS="ctrl:swapcaps" в /etc/default/console-setup. (Альтернативно, если вы знаете, что делаете, вы можете продолжить и просто отредактировать этот файл напрямую.)
У меня была эта проблема и она была решена, установив пароль в UEFI / BIOS для доступа к нему. По-видимому, когда пароль определен, окна больше не могут вносить изменения в UEFI / BIOS. Компьютер - Lenovo.
Мой ноутбук Sony также менял порядок загрузки при запуске. Еще одна альтернатива, которая работала, заключалась в том, чтобы использовать EasyUEFI для отключения записи EFI для Windows Boot Manager.
Это оставило существующий вариант загрузки Ubuntu наивысшим активным.