Вы можете использовать команду apt-get autoremove. Он будет удалять пакеты, которые устанавливаются как автоматические зависимости, но больше не зависят.
apt-get имеет флаг --auto-remove, который можно использовать для автоматического удаления автоматически установленных пакетов при удалении установленного вручную пакета :
apt-get remove --auto-remove packagename
Некоторые другие инструменты также могут это сделать, например aptitude автоматически предложит удалить удаленные пакеты.
Автоматически установленные пакеты отслеживание встроено в apt, поэтому отслеживание должно работать независимо от того, какой инструмент вы используете для установки пакетов.