Если у вас установлены серверные версии bash (возможно), использование #!/usr/bin/env bash гарантирует, что используемый bash является первым в вашей среде $PATH.
Использование #!/bin/bash будет жестко кодироваться двоичный файл, сохраненный в #!/bin.
См. Аналогичный вопрос на SO