Загрузить файлы из Root Directory?

В этом случае echo "notify-send HELLO" - это процесс, а не файл, поэтому вам нужна подстановка процесса, а не перенаправление файлов

at now < <(echo "notify-send HELLO")

Вы также могли бы использовать замену процесса ! d2], чтобы полностью исключить команду echo

at now <<< "notify-send HELLO"