Я видел эту проблему на разных машинах после обновления с 12.04 по 14.04. Чтобы исправить, мне пришлось выдавать sudo pam-auth-update --force
Релевантная ошибка: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/policykit-desktop-privileges/+bug/1240336
«Zorael» объясняет, как «Quckly change Application Preference Order»: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1333363