Имея список путей, как я могу отфильтровать подкаталоги ранее упомянутых путей?

Другая версия Python, использующая новую библиотеку pathlib:

#! /usr/bin/env python3

import pathlib, sys

seen = set()
for l in sys.stdin:
    p = pathlib.Path(l.strip())
    if not any(x in seen for x in p.parents):
        seen.add(p)
        print(str(p))