Выйдите из системы, а затем снова.
Новая тема не была загружена в Unity. И Unity управляет границами окон.
О The rest of the icons on the top bar in the right hand side они не заданы темой, которую вы используете.
Выйдите из приглашения at, нажмите CtrlD на новой строке:
$ at now
warning: commands will be executed using /bin/sh
at> echo "hi"
at> <EOT>
job 6 at Sun Jan 1 20:20:00 2017
<EOT> печатается at при нажатии Ctrl D.