Нет, вы не должны оставаться 11.04. Это поддержка End of Life с октября 2012 года. Если вам нужна какая-либо поддержка, вам необходимо обновить, по крайней мере, до 12.04 (которая будет поддерживаться еще три года).
Кроме того, даже более поздние версии Ubuntu по умолчанию включают Python 3.x с целью полностью удалить Python 2.x.
У вас три проблемы с запуском вашего кода под более новой версией Python 3.x, но, как правило, проблем не возникает. Вы также должны, как разработчик, быть готовым решать любые такие проблемы, независимо от того, какую версию Ubuntu вы используете. Любая библиотека, которую вы используете, или сам Python, может иметь ошибку, которая зависит от вашего кода, и если эта ошибка исправлена, может привести к тому, что ваша программа будет отличаться от того, как вы ожидали ее раньше.
Вы можете сделать это следующим образом:
tr '\n' ',' < file | sed 's#[^,]\+#"http://&"#g;s#,$#\n#'
Примечание: это не удастся, если URL-адреса имеют запятые, поэтому, если это возможно в вашем случае, используйте ответ тердона для надежных результатов
awk '{ printf("\"%s\",", $0) }' input.txt
PHP допускает завершение запятых в литералах массива, если я правильно помню.