Ответ добея уже не так, как git v1.7. Теперь вы можете проверить определенные папки из репозитория. Полные инструкции найдены здесь.
git init <repo>
cd <repo>
git remote add -f origin <url>
git config core.sparseCheckout true
echo "some/dir/" >> .git/info/sparse-checkout
echo "another/sub/tree" >> .git/info/sparse-checkout
Это сообщает git, какие каталоги вы хотите проверить. Тогда вы можете вытащить только те каталоги
git pull origin master