В моем случае проблема заключалась в установке виртуального бокса-4.1 вместе с Virtualbox-4.2. Как только я удалю 4.1, я мог бы запустить sudo /etc/init.d/vboxdrv setup и sudo modprobe vboxdrv просто отлично, а также запустить виртуальные машины.