Что мне делать после того, как ClamAV Scan обнаружил 2 зараженных вирусом файлов на моем компьютере?

bash может обрабатывать это в цикле while read

(echo -e 'banana\n\n'; sleep 2; echo 'cheese') | 
while IFS= read -r line; do 
    [[ $line ]] && echo "$(date "+%F %T") line"
done

2014-05-14 06:34:06 banana
2014-05-14 06:34:08 cheese

Вы можете удалять строки только с пробелами с затруднительным расширением параметра: удалить все ведущие пробелы и посмотреть, не ли ли пустая строка :

shopt -s extglob

(echo -e '  banana\n\t\n'; sleep 2; echo 'cheese') |
while IFS= read -r line; do
    [[ "${line/#+([[:blank:]])/}" ]] && echo "$(date "+%F %T") $line"
done