Если вы хотите сохранить оба в двойной загрузке, вы должны установить первую Windows, а затем Ubuntu, потому что если вы это сделаете, то отмените загрузчик Windows с помощью стирающего загрузчика Grub, а затем вам нужно переустановить, чтобы получить доступ к Ubuntu.
Решение настолько просто, что вы его пропустили. :) Поскольку rc.local запускается от root, sudo в вашем файле совершенно не нужен.
Другими словами, поместите его в rc.local, как вы предполагали, но опустите sudo из ваш скрипт. Они совершенно не нужны, поскольку rc.local уже запущен как root.
Надеюсь, что это поможет!