Как говорится в этом ответе, Caffeine 2.6 и выше полностью автоматические в зависимости от того, будет ли ваше окно полноэкранным. Разработчики удалили ручной режим в строке меню.
Новая вилка, созданная mildmojo, называемая , этот ответ приводит к ручному переключению со значком в строке меню назад. Вы можете установить его вручную с помощью файла .deb или через PPA:
sudo add-apt-repository ppa:nilarimogard/webupd8
sudo apt-get update
sudo apt-get install caffeine-plus