Наиболее вероятная причина, по которой nautilus открыта, заключается в том, что она используется для рисования рабочего стола - любые значки, которые у вас есть на рабочем столе, а также обои (я думаю) обрабатываются nautilus. Однако использование его памяти кажется довольно чрезмерным.
Установили ли вы, что ваш рабочий стол делает что-то необычное, но все равно, например, отображать содержимое вашей домашней папки или использовать какой-то анимированный фон? Что происходит с процессом nautilus, если вы запускаете killall nautilus в терминале? Он потребляет тот же объем памяти, когда он начинает резервное копирование?
Просто разместите свой конфиг в файле .bash_profile в домашнем каталоге.
Если у вас его нет, вы можете его создать.