Попробуйте использовать sudo su и затем запустите сценарий. Вы установили chmod +x?
NTPDATE_USE_NTP_CONF относится к файлу /etc/ntp.conf как определено:
Set to "yes" to take the server list from /etc/ntp.conf, from package ntp, so you only have to keep it in one place.
Ваша ошибка, кажется, временная.