Я столкнулся с этим при использовании php-fpm. Я обнаружил в /etc/php5/fpm/conf.d, что была символьная ссылка 05-opcache.ini на ../../mods-available/opcache.ini и одна 20-opcache.ini, указывающая на одно и то же место. Это вызывало конфликт.
Я удалил один (20, так как у него была более поздняя дата модификации), перезапустил php-fpm, и все вернулось.
Вы можете использовать dpkg -L grails-2.0 для отображения файлов из этого пакета.
Также вы можете использовать dpkg -S /file/name, чтобы узнать, принадлежит ли файл любому пакету.