Eclipse “ clean “ установить невозможно обновить

Я не знаком с devhelp, но предположим, что по крайней мере первым шагом будет установка php-doc. Он находится в репозиториях, поэтому быстрый apt-get install php-doc получит его для вас. Я бы рискнул догадаться, что оттуда либо devhelp автоматически подберет его, либо где-нибудь есть настройка, позволяющая указать местоположение исполняемого файла php-doc. Если нет, может быть плагин, но мой быстрый поиск в репозиториях показывает только плагины php-doc для kdevelop, поэтому вам, вероятно, придется выполнить поиск в Google (возможно, также будет полезен сайт PHP-doc).

Другой альтернативой, конечно же, является просмотр альтернативы Devhelp, ориентированной на PHP.