Я предполагаю, что вы добавили пользовательский флаг в mplayer в SMPlayer (по крайней мере, согласно этому сообщению на форуме Ubuntu, его нужно добавить). Опция для mplayer2:
--flip-hebrew Turns on flipping subtitles using FriBiDi.
Обратите внимание на дефис между flip и hebrew. Попробуйте изменить флаг SMPlayer на --flip-hebrew.