Что касается меня - я удалил skype с этим:
sudo dpkg --remove skypeforlinux
Вставьте это в преамбулу LaTeX (в настройках документа есть раздел):
% set fonts for nicer pdf view
\IfFileExists{lmodern.sty}{\usepackage{lmodern}}{}
По умолчанию шрифты в LyX являются растровыми (очень длинная история, не спрашивайте). Чтобы этого избежать, вам просто нужно выбрать другой набор шрифтов в Doc > Settings > Fonts. Семейство Latin Modern должно выглядеть так же, как и CM, только с использованием векторных шрифтов. Мне нравится Palatino с Optima (см. Эту написание), но не стесняйтесь выбирать, что лучше всего подходит для вас.
этот rant может иметь некоторую информацию, которую вы можете использовать.