Unison - это инструмент, который я слышал наиболее широко рекомендованный для достижения этой цели. Он доступен в виде пакета в архивах и обычно работает достаточно хорошо. Установить с помощью apt-get install unison.
В дополнение к синхронизации файлов и папок на одном хосте унисон может быть настроен на синхронизацию файлов между хостами (клиенты доступны для широкого круга операционных систем), что делает его очень подходит для гетерогенных сред.