Вы также можете удалить всю папку репозитория
rm -r /var/cache/apt-cacher-ng/<repository_folder>
, где хранится пакет с несоответствием суммарной хэш-функции.
При следующем запросе apt создается новая папка с чистой суммой хэша будет автоматическим, созданным apt-cacher-ng.