Попробуйте использовать диспетчер пакетов Synaptic: https://apps.ubuntu.com/cat/applications/synaptic/.
Найдите пакет apache2 и выберите вариант «полная деинсталляция». Он должен очистить все каталоги и пакеты, настроенные apache2. Затем установите пакет apache2 либо с помощью консоли, либо из диспетчера пакетов Synaptic.