Полностью зашифрованная настройка не может запускаться после холодного сброса из-за зашифрованного свопа и основного раздела

Это чистая спекуляция, но ваша команда компиляции:

gcc -g -I/usr/include/python -Wall -Werror -fPIC  -fno-strict-aliasing -DUSESELINUX=1 -c -o dm.o dm.c

Однако libpython2.7-dev устанавливает файлы в /usr/include/python2.7 в соответствии с списком файлов.

Возможно вы должны учитывать разные флаговые компиляции. В вашей конфигурации системы может быть что-то, что позволяет использовать заголовки в /usr/include/python2.7, даже если вы включаете другой каталог.