Прежде всего, проверьте, какие файлы могут быть удалены с помощью dpkg -S /opt или grep ^/opt /var/lib/dpkg/info/*.list. Он должен предоставить вам список пакетов, которые могут потребоваться переустановить. Если нет, то просто заново создайте каталог с помощью простого sudo mkdir /opt. Вы также можете проверить, были ли вы установлены пакеты вручную в этих каталогах, но это очень сложно.