Нет необходимости устанавливать ubuntu-restricted-extras, чтобы играть в WebM с VLC. VLC 2.1.2 поддерживает VP9 по умолчанию (см. Http://www.webmproject.org/vp9/ и http://www.videolan.org/vlc/releases/2.1.2.html). Вы можете попробовать обновить VLC или установить последнюю стабильную версию, загрузив ее непосредственно с сайта VLC.