Вы можете создать резервную копию файла available, а затем удалить его (оставьте его, но пустым).
apt-get не нуждается в файле вообще, dpkg иногда использует его для справки, но это не существенно, и через некоторое время он заполнит его.
Another чтобы удалить проблемную запись jarnal из файла available вручную.