Как указано в dez93_2000, путь /media занесен в черный список, но вы можете удалить его из /etc/updatedb.conf и установить PRUNE_BIND_MOUNTS на "no". Если вы запустите updatedb после этого, вы заметите, что некоторое время будет потрачено на обработку недавно найденных медиа-устройств.