Попробуйте выполнить:
grep ERROR /var/log/dist-upgrade/main.log
Надеюсь, это покажет вам имена конфликтующих пакетов. Для меня это было (я сломал длинную строку, чтобы ее было легче читать):
2014-10-25 18:15:05,915 ERROR Dist-upgrade failed:
'The package 'postgresql-9.3-postgis-2.1'
is marked for removal but it is in the removal blacklist.
postgresql-9.3-postgis-2.1 здесь противоречивый пакет. Вероятно, это будет один или несколько для вас. Затем вы можете удалить его / их:
sudo apt-get remove conflicting-package-1 conflicting-package-2 ...
Затем просто перезапустите обновление дистрибутива.