Возможно, немного поздно, но я просто нашел более простой способ, если кто-нибудь когда-нибудь задумается в будущем.
Перейдите в раздел «Системные настройки -> Запуск и завершение работы -> Фоновые службы». В нижнем поле, которое обозначено как «Службы запуска», вы сможете проверить и снять отметку с услуг в столбце «Использовать». Снимите флажок «Учетные записи», если вы хотите отключить Instant Messenger при запуске, который также отключит значок в трее.
Кстати, я использую Kubuntu 15.10.