Как разрешить пользователям FTP доступ к моему второму жесткому диску?

Зависит от того, как вы обновляете.

IMO самый безопасный способ обновить через командную строку (используя apt-get) и обратить внимание на то, что должно произойти.

В основном потому, что вы обновлялись, когда зависимости не выполнялись. Затем система решает, что нужно сделать (удалить), чтобы создать согласованное состояние.