Как упоминалось terdon, это, скорее всего, пробельные строки.
Существуют две опции переменных окружения, которые управляют тем, хранятся ли пробельные строки в истории или нет:
HISTCONTROL: если он содержит ignorespace, любая строка, начинающаяся с пробела, игнорируется. HISTIGNORE: список игнорируемых двоеточий. Например, если он содержит:HISTIGNORE=' *'
, то строки, начинающиеся с одного пробела, будут игнорироваться. Я не смог сделать баш-хранилище действительно пустыми строк без пробелов.