Я сделал небольшое исследование; Единственным инструментом резервного копирования с поддержкой ext4, по-видимому, является «FSArchiver».
См. Больше на http://en.wikibooks.org/wiki/How_To_Backup_Operating_Systems#Create_Partition_Backup_-_FSArchiver_Method
Убедитесь, что вы используете официальный JDK, предоставляемый Oracle, а не OpenJDK, который поставляется с Ubuntu по умолчанию. Eclipse не очень хорошо работает с OpenJDK - я бы заподозрил, что это может быть и с Netbeans. Чтобы проверить версию Java, откройте терминал и попробуйте следующее:
java -version
Вы должны увидеть что-то вроде этого:
java version "1.7.0_03"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_03-b04)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 22.1-b02, mixed mode)
вместо этого: