Используйте GLOBIGNORE из bash:
GLOBIGNORE=x.pdf:a.pdf
rm *
unset GLOBIGNORE
Из справочной страницы bash:
GLOBIGNORE: A colon-separated list of patterns defining the set of filenames to be ignored by pathname expansion.Быстрая проверка:
mkdir /tmp/foooooo
cd /tmp/foooooo
touch x.pdf y.zip z.mp3 a.pdf
GLOBIGNORE=x.pdf:a.pdf
ls -1 *
Выход:
y.zip z.mp3