Есть ли способ иметь и Arduino IDE и Processing в Ubuntu?

Лучший способ исправить это - обратиться за помощью к людям, которые хорошо знают Wine. Не многие пользователи AskUbuntu смогут помочь вам, так что, если бы я тебя, я пошел бы http://www.winehq.org/help/ и просить помощи на сайте Wine связанных - вы гораздо больше шансов найти кого-то компетентный там, чем здесь.