С новой версией от ubuntu avconv
avconv -i srcFileName -c:a copy -c:v copy -ss 00:03:40 -t 00:01:12 targetFileName
Время первого аргумента от времени. Второй аргумент - длительность (не время окончания) длительности может быть либо в секундах, либо в «hh: mm: ss [. xxx] ". Для получения дополнительной информации обратитесь к документации ffmpeg