Разный цвет в разных приложениях

Не используйте VNC. Это ужасное решение. Пойдите с чем-то вроде X2go (http://www.x2go.org/). Он легко устанавливается, намного быстрее, чем VNC, и он более гибкий, обеспечивая такие вещи, как PulseAudio. Он также имеет плагин Firefox, поэтому вы можете запускать приложения с сервера непосредственно в браузере и т. Д.