как изменить последнюю измененную дату каталогов при изменении файлов в каталоге?

Если вы запустите команду sudo do-release-upgrade -d через SSH, используйте экран GNU, потому что процесс обновления отключит SSH -> закрыть порт по умолчанию и открыть новый (он сообщит вам об этом новом порту), поэтому :

$ ssh USER@HOST

$ screen -S upgrade
$ sudo do-release-upgrade -d

открыть новый терминал на клиентском компьютере:

$ ssh -p PORT USER@HOST

$ screen -d
$ screen -r upgrade