У меня была та же проблема и я мог найти обходное решение.

Ситуация

Моя ситуация основана на Mate 16.04 с установленной Compiz (которая активирует gtk window manager)

Я использую скрипт, связанный с привязкой клавиш, чтобы разместить окна в предопределенных местах.

Анализ

Проблема может быть включена и выключена включением и оформлением окна в настройках (compiz).

Временное решение

Декорации окон могут быть включены и выключены с помощью python для определенного окна (с помощью сочетаний клавиш удобно для использования активного окна).

#!/usr/bin/python
from gtk.gdk import *
import gtk.gdk
import time
import sys

w = gtk.gdk.get_default_root_window().get_screen().get_active_window()
w.set_decorations(0) #use 1 to turn on decorations
window_process_all_updates()
gtk.gdk.flush()

Затем вы можете отключить декорации окон, переместить окно и включить декорации окон.