Это наследие от тех дней, когда физическая машина не могла отключиться сама по себе. Например, команда halt sudo halt завершает все программы и выгружает почти все из ОЗУ, готовые к отключению. Однако, если вы запустите sudo halt -p, он сделает все это, а затем подаст сигнал на выключение системы или в случае команды shutdown вам понадобится опция -a, хотя я лично использую [ f5].