Docky and Do были разделены после того, как стало ясно, что тема Docky для Do собирает огромное количество кода, которое не делится ни с чем другим в Do.
Docky, найденный в пакете docky, имеет большое количество дополнительных функций и огромное количество исправленных ошибок (особенно в отношении соответствия окон) по сравнению с док-темой из Do.
У вас будет лучший опыт доков с автономным docky, чем с докиной темой пакета (предыдущего) gnome-do.