Запуск fsck -fy на смонтированном диске ext3 / ext4 не рекомендуется, потому что логически он будет пытаться анализировать несоответствия для эффективной движущейся цели. Действие изменения файловой системы означает, что все, что вы проанализировали, должно быть повторно проанализировано.
На сайте Unix Stackoverflow есть очень похожие вопросы и ответы, в которых более подробно указано, почему это плохая идея.