Если вы делаете что-то с помощью скрипта, один простой способ установить переменную окружения навсегда, то в вашем скрипте указывается ниже оператора
if [[ ! -d "$MyVar" ]]; then
export MyVar="abc"
echo 'export MyVar="abc"' >> ~/.bashrc
fi
. Если вам нужно оценивать выражения типа pwd, вы можете использовать это , например,
echo "export EIGEN_ROOT=\"$(pwd)/eigen\"" >> ~/.bashrc