Пакет запросов, работающих в редакторе (pycharm), но не в терминале

Попробуйте Krusader Tools > Empty trash вместо пустой мусорной кнопки.

Слишком удаляет файл метаданных мусора - пока вы не достигнете предела корзины еще раз - rm ~/.local/share/Trash/metadata