Я обнаружил, что libnotify разработан таким образом, чтобы не нарушать пользователей, когда они используют полноэкранное приложение, и это имеет смысл с точки зрения дизайна. Поэтому вместо использования полноэкранного режима Terminator я избавился от его заголовка, используя плагин «Правила оформления окон». Таким образом, похоже, что это полноэкранный режим, и я также получаю уведомления должным образом.