Я вырывал волосы, пока не заметил, что Ubuntu 16.04 помещает меню не в окно, а в верхнюю часть экрана (статус?). У меня не было окна максимизировано, потому что я не хотел видеть лишнее пустое пространство, поэтому в окне есть панель, и именно там я смотрю. :) noob момент дня наверняка.