Полный ответ - это комбинация обоих методов.
Эта папка действительно содержит все настройки Sublime text 3 для текущего пользователя:
$HOME/.config/sublime-text-3
Структура папок может быть например:
Backup
Cache
Index
Installed Packages
Local
Packages
Но чтобы полностью удалить его, вам нужно будет вызвать:
sudo apt-get purge --auto-remove sublime-text-installer
или
sudo apt-get remove --auto-remove sublime-text-installer
Затем, чтобы снова установить вас назовем
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/sublime-text-3
sudo apt-get update
sudo apt-get install sublime-text-installer