Вам нужно избегать пробелов как в локальной оболочке, так и в удаленной оболочке. Попробуйте это:
rsync -avz '/path with spaces/' 'user@remotelocation:/media/another\ path\ with/spaces/'
Источник, /path with spaces/ в локальной оболочке может быть экранирован только путем размещения одинарных кавычек вокруг него, то есть '/path with spaces/'.
С другой стороны, в случае назначения локальная оболочка экранируется, помещая одинарные кавычки, а пробелы экранируются в удаленной оболочке с помощью escape-символа (\) перед пробелами.