Попробуйте следующее:
wmctrl -xF -R nautilus.Nautilus
Объяснение параметров:
x: интерпретирует указанные Windows как имя WM_CLASS. F: Изменяет поведение алгоритма соответствия заголовка окна. Он будет соответствовать только полному названию окна вместо подстроки, когда этот параметр используется. Кроме того, он делает соответствующий регистр чувствительным.Чтобы получить список доступных окон и значений WM_CLASS, вы можете использовать: wmctrl -lx