Это можно сделать с помощью rename:
rename 's/ /\./' file.txt
Пример:
$ ls -l
-rw-rw-r-- 1 user user 0 Mar 30 04:22 01 Song Title.flac
$ rename 's/ /\./' 01\ Song\ Title.flac
$ ls -l
-rw-rw-r-- 1 user user 0 Mar 30 04:22 01.Song Title.flac
EDIT: Если вы хотите пробел после 01.: [!d2 ]
rename 's/ /\. /' file.txt
Если вы хотите, чтобы все файлы под каталогом /directory/to/search и под всеми его подкаталогами, имеющими расширение .wav, переименовали, как ожидалось, попробуйте следующее:
find /directory/to/search -type f -name "*.wav" -execdir rename 's/(^\d+) /$1. /' {} +
Чтобы стать нечувствительным к регистру :
find /directory/to/search -type f -iname "*.wav" -execdir rename 's/(^\d+) /$1. /' {} +