Как описано в Gephi - Open Graph Viz Platform, не используйте OpenJDK: \
Обновите свой дистрибутив с последними официальными пакетами JRE (обновление 25+), не используйте OpenJDK. После завершения загрузки распакуйте и распакуйте файл в каталоге. Запустите его, выполнив файл сценария ./bin/gephi.и
OpenJDK не поддерживается, обязательно запустите официальную версию Java 6 с веб-сайта Oracle. Gephi может работать с OpenJDK, но в большинстве случаев окно графика не загружается.Поэтому вы должны использовать Oracle Java в этом случае (Oracle Java 8 не работает в моем тесте)
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
sudo apt-get update
sudo apt-get install oracle-java7-installer
Если вы этого не сделаете например, Oracle Java в качестве Java по умолчанию, отредактируйте свой gephi.conf в gephi/etc
nano gephi/etc/gephi.conf
и установите jdkhome
jdkhome="/usr/lib/jvm/java-7-oracle/"